Une structure modulaire
Pensée pour s’adapter à des besoins multiples et enrichissable au gré des nouveaux besoins, l’application Géonature est composée de plusieurs outils nommés modules.
Quand vous arrivez sur la page d’accueil de l’application, vous voyez leur liste sur la barre latérale de gauche.
La suite de cet article les décrit sommairement.
Sur la capture ci-dessus vous noterez également :
- en haut à droite l’accès aux notifications (cloche) et à la documentation,
- au centre un aperçu rapide des dernières observations en base,
- en bas, au dessus d’une zone de discussion, une synthèse des données en base,
- tout en bas à gauche la version de notre instance Géonature.
Description des modules
Admin
Tous les paramétrages possibles dans l’instance, du moins au niveau utilisateurs, sont accessibles ici. Sont accessibles :
- les listes de nomenclatures,
- les champs additionnels,
- la gestion des permissions,
- les modèles d’import,
- les sélection de taxon de taxref sous forme de listes.
A noter que les accès aux différents items de ce module sont dépendant des droits qui vous sont attribués.
Import
Permet d’intégrer des données d’observations depuis des fichiers texte. L’outil fonctionne par étape et permet de bien personnaliser la transformation de données.
Il nous permettra d’avoir un outil performant en lieu et place du module d’import de Serena.
Pour en savoir plus, voir la documentation.
Metadonnées
Sans doute la notion la plus complexe à assimiler dans les concepts, les métadonnées permettent de poser un contexte et une description a un ensemble de données. Deux notions importantes :
- le cadre d’acquisition : décrit dans quel contexte des données ont été récoltées,
- le jeu de données : regroupe un ensemble cohérent de données, selon une étude, un protocole, une proximité géographique, un producteur de donnée, ou autre. Les jeux de données sont à géométrie très variables.
Avant de se lancer dans la saisie d’observations, il est indispensable de commencer par bien cadrer ces éléments de métadonnées en amont.
Plus de détail sur le concept et le fonctionnement du module dans la documentation.
Monitorings
Pour faire simple, ce module permet de créer des formulaires de saisies pour des données qui ne sont pas forcément des observations de taxon. Il permet de créer de nouveaux outils assez différent de l’objectif initial de Géonature.
Exemple, il existe des formulaires de saisie pour les protocoles Rhomeo.
Pour plus d’information, consulter le github de l’application.
Il existe des modules déjà partagés par la communauté, la liste dans ce lien.
Occhab
Ce module permet la saisie d’habitats en respectant les directives SINP sur le sujet.
Bien qu’intéressant, nous ne l’exploitons pas au sein du Cen CVL.
Occtax
Nous pouvons dire que c’est le coeur de l’instance Géonature, le lieu principal pour saisir de nouvelles observations de taxons.
Cet outil va remplacer les interfaces de SICEN web et Serena (module observations).
La différence majeure en terme de structuration, surtout avec SICEN, est la distinction suivante :
- un relevé : porte la géométrie, la notion d’observateur, de date et le rattachement aux métadonnées,
- les taxons : pour un relevé, il est possible d’associer ’n’ taxon d’espèce, qui partageront la même géométrie.
Même s’il est conçu pour saisir de la donnée, il est également possible de les consulter dans ce module. Néanmoins vous ne verrez ici que les données saisies par ce module, et l’interface de recherche est sommaire.
Le module est très bien décrit dans la documentation.
Synthèse
Si le module Occtax est le coeur de l’application, le module synthèse en est la vitrine.
L’interrogation des données présentes et leur export se fera ici.
Particularité par rapport aux outils précédemment utilisé chez nous, il est ici possible d’interroger des jeux de données qui n’ont pas été saisies via le module Occtax. Quels autres jeux de données ?
- par défaut les imports seront visibles ici, et non dans Occtax,
- l’administrateur peut avoir paramétré côté base des accès à d’autres bases. Pour notre instance, les données issues des bases Serena (Cen 41 et CVL) ont été importées. Les données issues de SICEN sont quand à elle actualisées deux fois par jour pour être consultable ici.
Encore une fois, plus d’information sur le site de la documentation officielle.
Taxhub
Géonature est basé sur le réferentiel taxonomique Taxref. Ce module permet de consulter ce référentiel.
Validation
Permet aux personnes en charge de vérifier la véracité des observations, en l’occurrence les chargés scientifiques chez nous, et de les valider afin de consolider les jeux de données.
Des outils complémentaires
Usershub
Ce module indépendant, accessible via une URL spécifique permet :
- la gestion des comptes utilisateurs et des organismes,
- dont les comptes d’observateurs,
- la gestion de groupes d’utilisateurs et de profils de droits,
- la gestion des modules
Plus d’info sur le github de l’application.
Documentation
La documentation officielle de l’application est toujours accessible dans l’interface de Géonature avec l’icone suivante :
Elle est très riche et contient vraisemblablement les réponses aux questions que vous pouvez vous poser.
Une application mobile
Afin de faciliter la saisie sur le terrain d’observation, une application Android (exclusivement) est disponible.
Elle reprend la logique du module web Occtax.
Un article décrit comment installer cet outil.
Pour plus d’information, consultez le github du projet.