Préparation import Lobelia

Données du CBPNBP

Le CBNBP stocke ses données dans une application nommée Lobelia. Depuis la plateforme de consultation, il est possible d’exporter les données. L’export dans un fichier zip doit contenir :
ludodo@ehretia ~/tmp/lobelia $ ls -lR
20250606_Extraction_LOBELIA_Habitats.csv
20250606_Extraction_LOBELIA_Taxons.csv
descriptif_champs.csv
SIG/20250606_Extraction_LOBELIA_Habitats.geojson
SIG/20250606_Extraction_LOBELIA_Taxons.geojson

Tous les fichiers en lien avec les habitats ne nous intéresse pas. Concernant les taxons :

• à la racine, le fichier 20250606_Extraction_LOBELIA_Taxons.csv contient les observations avec toutes les informations sémantiques,
• le fichier descriptif_champs.csv décrit les différents champs des fichiers,
• SIG/20250606_Extraction_LOBELIA_Taxons.geojson contient les géométries des relevés sur lesquels s’appuient les observations. Il y a autant d’enregistrements dans cette table que dans celles des observations.

Ouverture des données

Dans Qgis, vous commencez par ouvrir le fichier .geojson. Il peut contenir jusque trois couches différentes en fonction de la nature de la géométrie (point/ligne/polygone).

Choisissez tout et ajouter les au projet, elles apparaîtront comme ci-dessous :

Par défaut, elles portent toutes le même nom, ce qui, pour les manipuler par la suite, est confusant. Il est donc préférable de les renommer pour bien les distinguer, par exemple en ajoutant les suffixes en fonction du type de géométrie (_pt, _pline, _pgone).

Etape suivante, ajouter les données des observations. Pour cela passer par le menu couche -> Ajouter une couche -> Ajouter une couche de texte délimité. Dans la fenêtre de configuration, aller cherche le fichier 20250606_Extraction_LOBELIA_Taxons.csv. Il faudra préciser si nécessaire le séparateur, l’encodage et au niveau de la géométrie, préciser de ne pas en prendre "Pas de géométrie (juste la table)".

La table s’ouvre avec un nom identique encore une fois à ce qu’étais les couches du fichier geojson au départ.

Encore une fois, pour éviter les confusions dans les manipulations, je recommande de le renommer dans le controle de couche, mettons par exemple 20250606_LOBELIA_Taxons.

Jointure

L’opération suivante consiste à faire le lien entre les différentes couches de géométrie (pt/ligne/polygone) et la table des observations, pour cela nous allons mettre en place des jointures couche par couche.
Ouvrez les propriétés d’une couche geojson et choisissez sur la gauche l’item "jointure". Dans la fenêtre de paramétrage qui s’ouvre :

1. joindre la couche : sélectionnez la couche 20250606_LOBELIA_Taxons
2. logiquement, les champ de jointure et de champ de la couche cible devrait se définir à id_cbn
3. dernier paramètre, cocher "Personnaliser le préfixe du nom du champ" et effacer la valeur indiquée dessous

   

   La jointure est définie et va apparaître dans les propriétés de la couche.

   

Attention !
N’hésitez pas à ouvrir la table de la couche geojson pour vérifier que la jointure a bien fonctionné. Vous devriez voir pour tous les enregistrements des valeurs pour tous les champs issus de la table jointe 20250606_LOBELIA_Taxons. Si ce n’est pas le cas, il doit y avoir une erreur sur les champs de jointures définis, ou alors les données ne sont pas compatibles.

Export

Sélectionner la couche a exporter dans le contrôle des couches, bouton droit de la souris pour accéder à la fonction "Exporter -> Sauvegarder les entités sous".
Paramétrer les éléments suivants :

• format : "valeurs séparées par une virgule",
• Nom de fichier : à définir,
• SCR : deux choix possibles sont gérés par geonature EPSG 2154 ou 4326 ( ou 3857),
• type de géométrie : laisser Automatique,
• Dans options de le couche préciser :
  • geometry : AS_WKT,
  • separator : COMMA,
  • string_quoting : ALWAYS

    

Et voilà, plus qu’à valider et l’export est prêt à être intégré dans l’outil d’import de Géonature.